学校成立于1960年，前身是1953年成立的昆明中医进修学校，1960年云南中医学院正式挂牌成立，1986年获硕士学位授予权，2016年成为云南省人民政府与国家中医药管理局共建高校，2018年成为博士学位授予单位，同年更名为云南中医药大学，是国家中医药临床研究基地、国家中医药服务出口基地、国家中医药国际合作基地、国家中医药传承创新中心培育单位、国家中医临床教学培训示范中心、国家药物临床试验机构。目前，已发展成为以中医药为主体、民族医药为特色，以本科教育为基础，研究生教育规模不断扩大，继续教育和对外教育呈现良好态势，医、理、工、管多学科协调发展的综合性中医药院校。