鄂尔多斯生态环境职业学院的前身是原鄂尔多斯市农牧学校，创建于1978年，最初是一所以培养农林牧优秀专业人才为宗旨的中等专业学校，校名为伊克昭盟农牧学校，1999年学校被自治区确定为省部级重点中专，2001年撤盟设市后改称鄂尔多斯市农牧学校，2005年被教育部评估为国家级重点中专。2014年2月，经内蒙古自治区人民政府批准在鄂尔多斯市农牧学校基础上正式成立鄂尔多斯生态环境职业学院，同年4月在教育部备案。