重庆交通大学是国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授权单位。1985年开始招收硕士研究生，2007年开始招收博士生。截至2024年10月，在读研究生7500余人，其中在读博士近600人，全日制硕士研究生近6300人，非全日制硕士研究生620余人。学校现有研究生导师1700余人，其中校内导师1126人（博士生导师162人，硕士生导师964人），校外导师588人（博士生导师54人，硕士生导师538人）。

学校学科体系不断完善，形成了“陆-水-空-轨”一体、交通特色鲜明的学科专业体系。学校现有土木工程、水利工程、交通运输工程、管理科学与工程、系统科学5个一级学科博士学位授权点，土木水利、交通运输2个博士专业学位授权点，土木工程等18个一级学科硕士学位授权点，土木水利等15个硕士专业学位授权类别。